emacsのauto-complete.elとはノリが違うのは仕方がありませんが、「オートコンプリート」ではなく、「コンテンツ・・アシスト」と呼ぶんですね。
window->preferences->java->editor->content assistでそれっぽく
2012/9/12追記
↓このように設定したら、良い感じになりました。
※ auto activation triggers for java =
.abcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ_
にしています