自炊時のzipコマンド

は

$ zip -Xr9D book.epub mimetype *

で、mimetypeを先頭に。

また、epubの作成方法は、次のurlで分かりやすくまとめてあります。
http://itami.info/suc/20-epub/99--epub2-epub-how-to-create-an-epub-ebook-simple-epub-format-guide.html