zip v.3.0なら「-(ハイフン)」で標準入力,標準出力が使えます

srcからinstall

http://www.info-zip.org/Zip.html
http://sourceforge.net/projects/infozip/files/

$ tar -zxvf zip30.tar.gz
$ cd zip30
$ make -f unix/Makefile generic
$ su
# cp zip /usr/local/bin/

linux以外へのソースからのインストールは付属のドキュメント(INSATALL)をご覧下さい。

versionとhelpを確認

特にヘルプには「-(ハイフン)」による標準入出力が記載されています。

$ /usr/local/bin/zip -v
Copyright (c) 1990-2008 Info-ZIP - Type 'zip "-L"' for software license.
This is Zip 3.0 (July 5th 2008), by Info-ZIP.
Currently maintained by E. Gordon.  Please send bug reports to
the authors using the web page at www.info-zip.org; see README for details.

Latest sources and executables are at ftp://ftp.info-zip.org/pub/infozip,
as of above date; see http://www.info-zip.org/ for other sites.
＜略＞

$ zip -h2
＜略＞
If zipfile is "-", stream to stdout.  If any path is "-", zip stdin.
＜略＞

コマンドラインzipで圧縮結果を標準出力へ

$ zip -q - foo1.txt foo2.txt > foo.zip

perlなら『open(my $fh, "zip -q -P HOGEHOGE -e - foo1.txt |")』のようにパスワード付きzipを作成できます。

標準入力は別の機会に