http://www-or.amp.i.kyoto-u.ac.jp/~liang/oss/ccrypt/
http://ccrypt.sourceforge.net/
これらは linux , win , mac osx 用ですが、android や iphone (ios)用であれば、javax.cryptやCCCryptがあります。
他に「SQLCipher for Android」もあるみたい。
SQLite暗号化OSS「SQLCipher for Android」
http://creadorgranoeste.blogspot.jp/2011/12/sqliteosssqlcipher-for-android.html