穴となる円柱をリンクやコピーで複数作成し、 更にCompoundで一体化することで、 boolean減算による複数一括穴あけができるようです。
Compound以外にFuse(Fusion)による一体化でもできる気がしますが、試していません
以下詳細
NGな例 - 穴となる円柱をリンクやコピーで複数作成するのみ
当初、穴となる円柱をリンクで複数作成し、ブーリアン減算を試みましたが、 リンク元の1個の円柱しか選択できず、NG
OKな例 - 更にCompoundで一体化
各穴を複数作成後、更にCompoundで一体化することで、 boolean減算による複数一括穴あけができました。