機種依存文字以外の変換であれば、問題なさそう
as400(System i)とfile交換する場合、sjis<->EBCDICの変換を行う必要があります。perlで文字コード変換を行う場合、Encode.pmやJcode.pmを使用しますが、sjis<->EBCDICの変換を行うには、iconvを使用した方が扱いやすそうです。
$ cat file_s.txt | iconv --from-code=IBM943 --to-code=IBM930 > file_eb.txt
※iconvで指定するencodingは、sjis:SJIS=IBM943=CP932、EBCDIC:IBM930のようです
以下は「漢字」をsjis->EBCDICの変換結果し、odで表示したものですが、シフト文字(0e,0f)があることからも、EBCDICに変換できていることが分かります。
[endo@colinux tmp]$ cat file_eb.txt | od -tx1c 0000000 0e 4f 58 48 f2 0f 016 O X H 362 017 0000006
ただし、私の試した範囲では「㈱①」等の機種依存文字の変換はできませんでした。--from-codeや--to-codeの指定が悪いのだろか?