「MySQL Server Instance Configuration Wizard」でエンジン変更
http://d.hatena.ne.jp/end0tknr/20090130/1233288533
以前、srcからinstallしたlinux版mysql5.1のデフォルトストレージエンジンはMyISAMだったので、/etc/my.cnf の「default-storage-engine = INNODB」によりInnoDBへ変更しましたが、win版mysql5.1ではデフォルトストレージエンジンの指定方法が少々異なるようです。
参考
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/ja/windows-installation.html
どうやらmysql5.1 for winに付属する「MySQL Server Instance Configuration Wizard」を使用すれば、デフォルトストレージエンジンを変更できるようです。
分かりづらいかもしれませんけど、wizardの途中でMyISAMやInnoDBを選択する画面が表示されます。
ここで、Multifunctional Databaseを選択すると、InnoDBになるようです。