http://www.abilitydesign.net/2008/12/winscpwindows.html
↑こちらに記載されているとおりですが、↓こう書きます
winscp.bat
@echo off "C:\Program Files\WinSCP\WinSCP.com" ^ endo:XXXXXX@XXXX.XXXX.XXXX.co.jp ^ /script=C:\home\endo\tmp\winscp.scr
「endo:XXXXXX」はidとpasswdです
winscp.scr
cd /home/endo/tmp lcd "c:\home\endo\tmp" #asc #asciiモードへ put FOO.TXT close exit
...windowsのバッチファイルで改行無視は「^」を使うんですね