http://www.atmarkit.co.jp/flinux/rensai/linuxtips/352nostopprog.html
@ITでも紹介されていますが、nohupでログアウト後もプログラムの実行を続けるには、nohupコマンドをしようします。
通常、nohup時の標準出力や標準エラー出力は、nohup.outや~/nohup.outに書き込まれますが、次のようにリダイレクト(>)を使用することもできます。
$ nohup ./comannd input_file.txt > output_file.txt &
※バックグランドで実行するので、最後の「&」も必要ですよ。